В начале XX века на месте синагоги на Песках на средства еврейской общины города Томска было построено кирпичное здание Хоральной синагоги. Ее торжественное открытие состоялось 15 сентября 1902 года. Раввинами синагоги были: Бер Левин до 1907 года, Борух Беры с 1907 года по 1915, Меер бен Шломо Певзнер с 1915 по 1929 год.

В 1910 году во дворе Хоральной синагоги были выстроены здания Дома престарелых и Талмуд-Торы. Деньги на это пожертвовали томские купцы И. Быховский, И. Фуксман и другие.

В 1929 году синагога постановлением городских властей была закрыта. Здание передали агентству «Кино-Сибирь» под кинотеатр, в годы войны там располагается эвакуированное Белоцерковское военными училище, а в последние годы – Областной суд.

После закрытия в 1931 году «Солдатской», а в 1974 году «Каминерской» синагог евреи, соблюдающие религиозные традиции, могли собираться на молитвы только в частных домах и квартирах. Религиозная жизнь в городе фактически проходила в полулегальных условиях. Так продолжалось вплоть до 1992 года, когда была официально воссоздана Томская еврейская религиозная община. Началась работа по возвращению Хоральной синагоги. Благодаря усилиям активистов, содействию руководства города и области здание в аварийном состоянии было передано общине в безвозмездное пользование сроком на 49 лет. Большую организационную и материальную поддержку оказал Председатель Попечительского совета еврейской общины города Томска, Президент Томской региональной еврейской национально-культурной автономии Ю.Д. Зельвенский.

В ноябре 2004 году в Томскую общину приехал работать посланник Любавического Ребе – раввин Леви Каминецкий с женой Гитой. А в 2006 году произошло объединение двух еврейских общин города — Томской еврейской религиозной общины и Местной религиозной организации «Еврейская община г. Томска».

Памятник восстанавливали «всем миром». Любая переданная на строительство сумма была принята с благодарностью, а имя жертвователя будет обязательно занесено в специальную книгу пожертвований.

В отреставрированной Синагоге будут располагаться музей, библиотека, компьютерный центр, учебные классы, миква - специальный бассейн для очищения, кухня, кафе. Также будут выделены помещения для всех еврейских организаций города.