Музей кафедры патологической анатомии, являющийся одним из крупнейших патологоанатомических музеев в России, был основан в 1890 г. профессором Поповым М.Ф. Коллекция музея начала создаваться в те годы силами преподавателей томского ветеринарного института и ветеринарными врачами, работавшими по всей стране. Именно тогда в ней появились уникальные и невосполнимые в настоящее время препараты сапа, сибирской язвы, чумы и пневмонии крупного рогатого скота и дргугие. В 1958 г. коллекция существенно пополнилась препаратами из института усовершенствования ветеринарных врачей. На сегодняшний день фонды музея насчитывают более 8000 микроскопических препаратов по патологическим процессам и болезням животных, и число их постоянно увеличивается. В хранилищах музея хранится более 40000 гистологических препаратов патологических процессов. В довоенные годы на кафедре работали художники Анна и Григорий Гарнак. В музее хранится более 1700 выполненных ими оригинальных рисунков патологических процессов и изменений органов при болезнях животных. Коллекция музея размещена в 3 музейных комнатах.