Клиника НИИ онкологии СО РАМН расположена по адресу 634028 г. Томск ул. Савиных, 12/1 в отдельном пятиэтажном здании общей площадью 8300 квадратных метров.

Основная задача клиники — предоставление базы для решения вопросов совершенствования методов профилактики, диагностики и комбинированного лечения злокачественных новообразований различных локализаций, а так же помощь органам практического здравоохранения по трем основным направлениям: организационно-методическая, консультативная и повышение квалификации врачей общей лечебной сети.

Клиника обслуживает пациентов из региона Сибири и Дальнего Востока в рамках Программы Государственных гарантий оказания высокотехнологичной помощи по профилю «онкология». В ее составе стационар на 220 коек и амбулаторно-поликлиническое отделение мощностью 50 посещений в смену. В этом отделении осуществляется консультативный прием, амбулаторное обследование больных с целью уточнения диагноза, решаются вопросы плановой госпитализации и осуществляется динамическое наблюдение за повторными больными. На базе амбулаторно-поликлинического отделения развернут диагностический центр, основной задачей которого является первичная диагностика пациентов с предопухолевой и опухолевой патологией. Прием в диагностическом центре проводят ведущие специалисты института по основным специальностям онкологии, исключая детскую онкологию.

В стационаре пять клинических подразделений, включающих отделение химиотерапии опухолей и четыре отделения хирургического профиля: опухолей головы и шеи, торако-абдоминальной онкологии, онкогинекологии и общей онкологии, где внедряются разработанные в институте методики органосохраняющих и функционально-щадящих оперативных вмешательств на фоне интенсификации системного и локо-регионарного воздействия.

В течение года стационарное лечение получают около 3000 пациентов, в том числе 1500 пациентов получают высокотехнологичные виды медицинской помощи.

Одним из основных подразделений клиники является отделение лучевой диагностики опухолей. В его структуру входят два рентгенологических кабинета универсального назначения, кабинеты ультразвуковой диагностики, спиральной компьютерной томографии, ядерно-магнитной резонансной томографии, цифровой стереотаксической маммографии.

Каждому пятому пациенту проводится лучевая терапия в радиологическом отделении клиники. Несмотря на то, что отделение не располагает собственным коечным фондом, возможности для проведения лучевой терапии очень широкие: гамма-терапия на аппарате Тератрон, внутриполостная гамма-терапия на аппарате Multisource, тормозное излучение и лучевая терапия быстрыми электронами бетатрона с энергией 6-10 МэВ и нейтронная терапия на циклотроне У-120. При этом в специальной операционной установлен малогабаритный бетатрон с энергией 6 МэВ для проведения интраоперационной лучевой терапии. Данный вид комбинированного лечения проводится лишь в отдельных онкологических центрах России.

В состав клиники также входят следующие лечебно-диагностические подразделения: анестезиологии-реанимации и операционный блок, эндоскопическое, паталого-анатомическое, клинико-диагностическая лаборатория, лаборатория клинической иммунологии, отделение радионуклидной диагностики.