Богородице-Алексеевский монастырь — православный мужской монастырь в Томске, находится в юрисдикции Томской епархии Русской православной церкви.

Монастырь был основан в 1605 году при устье реки Киргизки на Юртачной горе. Страдал от набегов сибирских народов (калмыков, телеутов, киргизов). В 1656 году была сожжена единственная монастырская церковь Казанской иконы Богородицы. После этого было принято решение перенести монастырь в более безопасное место на берег речки Ушайки. Строительство нового монастыря было завершено в 1663 году.

Из Богородице-Алексеевского монастыря осуществлялось руководство прочими восемью сибирскими монастырями, входившими в Томский разряд. Монастырь до 1764 года был единственным в Томской губернии владельцем 400 крепостных крестьян, а также обладал земельными угодьями на реках Томи и Оби. В XVII веке при монастыре была открыта больница, а в 1746 году первая томская школа — Томское русское духовное училище (в 1762 году преобразовано в русско-латинское). Также при монастыре с 1858 года действовала духовная семинария с обширной библиотекой.

Монастырь, как и другие сибирские обители, был местом ссылки нарушителей монастырских уставов. Также в нём содержались и светские лица. Так, в конце 1720-х годах в монастыре под арестом находился Абрам Ганнибал (прадед Александра Пушкина), сосланный в Сибирь по указанию князя Меншикова.

Главным монастырским храмом является Казанская церковь, имеющая также приделы в честь Алексия, человека Божьего и святых Флора и Лавра. Изначально постройка была деревянная, неоднократно сгорала. В 1789 году было построено современное каменное церковное здание в стиле сибирского барокко. В 1830-е годы монастырь окружили каменными стенами и башнями-часовнями (проект томского архитектора К. Турского). На территории находились сад, озеро, летние кельи и кладбище.

В 1864 году на монастырском кладбище был похоронен старец Фёдор Кузьмич, отождествляемый в легендах с императором Александром I. В 1904 году над его могилой по проекту архитектора Викентия Оржешко была построена часовня.

В 1922 году сам монастырь был закрыт, но община верущих при Казанском храме существовала до 1929 года. Монахи в этот период проживали под арестом в братском корпусе, а после закрытия храма вместе с архимандритом были казнены на горе Каштак.

В 1992 году Казанская церковь и келейный корпус монастыря были возвращены верующим. Началось регулярное богослужение. 5 июля 1995 года в выгребной яме на месте разрушенной часовни Федора Кузьмича были обретены его мощи, ставшие главной монастырской реликвией. В 1997 году была восстановлена часовня святого.

В 2010 году в келейном корпусе монастыря (бывшее здание архиерейского дома, построенного в 1835 году у южной стороны монастырской ограды) была освящена домовая церковь Трёх святителей. В ней размещён мраморный иконостас, сам декор церкви выполнен в византийском стиле.