Красная Соборная мечеть была построена в 1904 году на средства общества томских мусульман. До 1915 года, пока в Томске не была возведена Белая Соборная мечеть, в Красной мечети молилось, в общей сложности, до 1 600 магометан мужского пола. В коне 20-х годов ХХ века, после большевистской революции мечеть была закрыта, затем переоборудована под кинозал, с 1942 по 1985 годы в ней размещался ликеро-водочный завод, а с 1986 года – цех завода пищевых продуктов "Томский". Именно в это время здание понесло значительный урон: были утрачены минарет и купол.

В 2003 году мечеть была возвращена верующим, намечены восстановительные работы, пока же функции мечети выполняет отремонтированное здание медресе, расположенное рядом. Администрация Томской области планирует восстановить 42-метровый минарет мечети, в частности губернатор области Виктор Кресс обратился к королю Саудовской Аравии Абдалле ибн Абдель Азизу с просьбой помочь в реконструкции.