В 1850 году на улице Александровской (ныне ул. Герцена) была построена тюрьма - исправительное арестантское отделение N2. В 1856 году рядом со зданием тюрьмы был заложен фундамент будущего храма. В 1877 году церковь, нареченная именем святого благоверного князя Александра Невского, была освящена. В 1920 году церковь была закрыта, купола были наполовину разрушены, а кресты сбиты. Внутреннее помещение храма было разделено перекрытиями на два этажа. Вначале 90-х годов храм и часть помещений арестантских рот были переданы Русской Православной Церкви. В 1992 году здесь разместилась вновь открытая после более чем 70-летнего перерыва Томская Духовная Семинария, и тогда же были возобновлены храмовые богослужения. Ныне, при храме расположено регентское отделение Томской духовной семинарии. При храме действует и самая большая в Томске воскресная школа для детей (с трехгодичным обучением) и взрослых, а также богословские курсы для мирян. Главной святыней храма является икона святого благоверного великого князя Александра Невского с частицей его мощей.