Гербарий при Томском Императорском университете основан в 1885 г. ботаником П.Н.Крыловым. В настоящее время Гербарий Томского университета входит в тройку крупнейших Гербариев России. По способу хранения коллекций, продуманной системе информации и образцовому порядку Гербарий им. П.Н.Крылова считается одним из лучших в стране.

Научные ценности Гербария - результат многолетнего коллективного труда; в сборе гербарных материалов принимали участие около 2000 коллекторов, общий объем коллекций составляет около 500 тыс. гербарных образцов. В богатейших коллекциях Гербария достоверно отражена более чем 115 летняя история развития растительного покрова Сибири: в составе коллекций Западной, Приенисейской и Восточной Сибири насчитывается более 200 тыс. образцов. В Гербарии хранятся также обширные коллекции флоры Средней Азии, Тувы и Монголии, коллекция общего гербария, содержащая образцы растений флоры Европы, Америки, Восточной Азии и др.

Гербарий имеет богатую библиотеку ботанической литературы, насчитывающую около 12 тыс. изданий. Особую ценность представляют труды классиков ботаники – Линнея, Де-Кандолля, Ледебура, Палласа, Бунге и др., опубликованные в 18-19 столетиях. Гербарий служит фундаментальной основой развития научной ботанической школы, основателем которой был создатель Гербария П.Н.Крылов. В Гербарии выполнены фундаментальные труды по флоре Сибири: «Флора Алтая и Томской губернии», «Флора Западной Сибири», «Флора Красноярского края». Материалы гербария использовались при составлении последней фундаментальной флористической сводки – «Флоры Сибири», в создании которой коллектив Гербария принимал непосредственное участие. Научные материалы Гербария используют в своей работе ученые многих вузов и научных учреждений России, докторанты, аспиранты, студенты.