Феодора Томского часовня находится на территории Богородице-Алексиевского мужского монастыря к северо-западу от церкви Казанской Божией Матери. Феодор Кузьмич скончался в домике-келье во дворе усадьбы С.Ф. Хромова города Томска. В 1904 году на средства его почитателей над могилой была возведена часовня. Могила старца сразу стала местом настоящего паломничества.

Часовня была разобрана в Советское время, после закрытия монастыря в 1923 году и приходской общины. Под слоем земли и обломков было скрыто и само ее местоположение. Все, что было связано с именем святого Фёдора Кузьмича, было предано забвению к концу 1959 года. В 1984 году состоялась канонизация старца в составе «Собора Сибирских Святых и подвижников благочестия, в земле Сибирской просиявших». В 1991 году началось восстановление часовни. А в 1995 году обретены святые мощи старца.

В настоящее время является действующей, ведутся церковные службы в будни и в праздники.